Unter dem Begriff 3D-Visualisierung (3D visualisation) versteht man die Darstellung zweidimensionaler Volumendaten (>50 GB), die mit mikroskopischen Methoden (vor allem durch Fluoreszenzmikroskopie) gewonnen wurden, in allen drei Dimensionen (x, y, z) mithilfe geeigneter Analysesoftware. Zur Visualisierung von 3D- (bzw. 4D-)Bildern werden modernste Algorithmen verwendet, die das Volumen der analysierten Objekte darstellen. Die Software für die 3D-Visualisierung ermöglicht:
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verschiedene Darstellungsweisen des Volumens und der Oberfläche von Objekten, die nach einer 3D-Rekonstruktion gewonnen wurden
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die Darstellung einzelner optischer Schnitte der 3D-Daten
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die Darstellung von 3D-Querschnitten der Objekte in diagonaler, horizontaler und vertikaler Richtung sowie vieles mehr
