Unter dem Begriff 3D-Visualisierung (3D visualisation) versteht man die Darstellung zweidimensionaler Volumendaten (>50 GB), die mit mikroskopischen Methoden (vor allem durch Fluoreszenzmikroskopie) gewonnen wurden, in allen drei Dimensionen (x, y, z) mithilfe geeigneter Analysesoftware. Zur Visualisierung von 3D- (bzw. 4D-)Bildern werden modernste Algorithmen verwendet, die das Volumen der analysierten Objekte darstellen. Die Software für die 3D-Visualisierung ermöglicht: