Die Software Imaris kann mit den meisten gängigen Datenformaten arbeiten.
| Imaris-Dateiformat |
*.ims |
| Kompatibilität (Dateiformat) |
*.tif, *.tiff, *.xml, *.h5, *.r3d, *.dv, *.ipl, *.kinetic, *.cxd, *.lif, *.stk, *.ics, *.nd2, *.oib,
*.vsi, *.zvi, *.czi und viele weitere |
| Betriebssystem |
MS Windows, MAC OS, MAC OS X |
Zubehör
Zur Analyse von Bilddaten enthält Imaris zahlreiche spezielle Module, die auf
bestimmte Anwendungen zugeschnitten sind. Alle verfügbaren Analysewerkzeuge werden durch
einen einfachen Assistenten dargestellt, der mehrere Schritte zur Festlegung der gewünschten Aufgabe enthält.
Dekonvolutionsmodul
Zur Dekonvolution dient das Modul ClearView GPU Deconvolution – Dekonvolutionsalgorithmen für verschiedene
mikroskopische Verfahren (Spinning-Disk-Konfokalmikroskopie, TIRF, Weitfeld-Fluoreszenz, Hellfeld, Laser-
Scan-Konfokalmikroskopie) sind direkt in die Software Imaris integriert. Unterstützte GPU-Verarbeitungsmodi
sind CUDA und OpenCL. Zum Starten der Dekonvolution ist ein Update der Grafikkartentreiber erforderlich. NVIDIA-Karten mit Treibern
ab Version 411.31 nutzen CUDA für die Verarbeitung, alle AMD-Karten sowie NVIDIA-Karten mit älteren Treibern nutzen OpenCL.
Mac-Computer mit dem Betriebssystem macOS 10.14 verwenden ausschließlich OpenCL, auch wenn eine NVIDIA-Grafikkarte vorhanden ist, da
für macOS 10.14 bislang kein unterstützter Treiber für diese Grafikkarte existiert. Ältere Workstations oder Grafikkarten
unterstützen die Dekonvolution möglicherweise gar nicht. Stattdessen kann die CPU-Dekonvolution genutzt werden.
Eine Liste der getesteten GPUs sowie detailliertere Informationen zu den empfohlenen Workstation-Konfigurationen für die Arbeit mit der
Imaris-Software und zur Durchführung einer Dekonvolutionsanalyse finden Sie hier.
Es folgt eine vollständige Liste der für die Imaris-Software verfügbaren Module:
„Analysiert schnell und einfach extrem große und komplexe Mikroskopbilder“
Ein Werkzeug für die grundlegende Bildanalyse, das Teil des Imaris-Kerns ist und die Software um die Möglichkeit ergänzt, die Geometrie
von Objekten und deren Intensität zu messen.
- Interaktive und schnelle Darstellung riesiger Flächen und Millionen von Punktobjekten
- Analyse von Flächen und Punktobjekten im Rahmen umfangreicher Datensätze
- Klassifizierung und Markierung von Oberflächen und Punktobjekten unter Verwendung eines Machine-Learning-Klassifikators oder interaktiver
Filter
- Bericht und Vergleich von Parametern auf der Grundlage der erkannten Klassen
- Messung von Formen und Intensität auf Basis einzelner Kanäle in 3D/4D
- Statistische Daten
- Berechnung von Abstand und Überlappung zwischen einzelnen Objekten
- Messung der Anziehungskraft und Abstoßung der erkannten Objekte im Vergleich zu einer zufälligen Verteilung
- Erstellung und Vermessung von 3D-Objekten auf Basis von 2D-Konturen
ImarisCell
„Erläutert die Beziehungen zwischen den Zellen“
Umfassende Analyse von Zellgruppen sowie einzelner Zellen und ihrer Bestandteile auf zellulärer Ebene. Analyse von Bilddaten
aus Zellkulturen, die statistische Ergebnisse liefert, die nach den Grundlagen der Zellmorphologie kategorisiert sind.
- Analyse der Beziehungen zwischen Zellen und ihren Organellen
- Messung mechanischer und struktureller Zellfunktionen (Zell-zu-Zell-Kommunikation)
- Erkennung von Zellen anhand der Färbung der Zytoplasma- oder Plasmamembran
- Verwendung intuitiver Einheiten auf der Grundlage der Zellmorphologie (Zellkern, Vesikel, Membranen)
- Erkennung und Klassifizierung mehrerer Populationen von vesikulären Objekten
- Untersuchung des Zellverhaltens (in 2D/3D/4D)
- Intuitiver, strukturierter, ausführlicher Leitfaden durch die einzelnen Analyseschritte
ImarisColoc
„Isoliert, visualisiert und quantifiziert kolokalisierte Bereiche“
Kolokalisationsanalyse. Ein grundlegendes Werkzeug zur Bestimmung von Berührungsflächen und Überlappungsstellen von Signalen aus verschiedenen Farbkanälen
(colocalization).
- Kolokalisationsgrad
- Auswahl verschiedener Kolokalisierungsmethoden (einschließlich eines automatischen Modus auf Basis
etablierter Algorithmen)
- Erfassung statistischer Daten in Echtzeit
- Nach der Kolokalisierung dargestellte Daten als neuer Farbkanal (3D oder 4D)
- Möglichkeit zur Erweiterung oder Verengung des berechneten Histogrammbereichs
- Durchführung der Kolokalisationsanalyse an bestimmten ROIs
- Kolokalisierung der gesamten Zeitreihe in weniger Schritten
ImarisTrackLineage
„Verfolgt die Bewegung von Objekten und erkennt Zellteilungen“
Analyse der Objektbewegung. Kartierung der Zelldifferenzierung. Hervorragendes Werkzeug für das 3D- und 4D-Tracking von Objekten und die Verarbeitung
von Zeitrafferaufnahmen (Time-Lapse), die den Verlauf biologischer Prozesse (Live-Cell-Imaging) von
einer einzigen Ausgangszelle (Vorläuferzelle) bis hin zu den Endstadien der Zellteilung.
- Automatische Verfolgung von Objekten in 2D, 3D und im Zeitverlauf
- Automatische Erkennung der Zellteilung
- Auswahl aus mehreren spezifischen Tracking-Algorithmen für verschiedene Bewegungsarten
- Schnelle Verarbeitung von Tausenden von Objekten zu einem Zeitpunkt, schnelle Verarbeitung von Tausenden von Zeitpunkten
- Interaktive Erstellung und Bearbeitung von Spuren und verfolgten Objekten
- Analyse von Geschwindigkeit, Form, Intensität, Größe und weiteren Parametern
- Bestimmung der Zellzyklusdauer und der Zellgeneration, Visualisierung des Stammbaums von Zellpopulationen
- Automatische Korrektur von Translations- und Rotationsdrift mithilfe der „Reference Frame“-Funktion
- Analyse sehr langer Zeitverläufe – Zeitraffer
FilamentTracer
„Visualisiert und analysiert Neuronen und andere filamentäre Strukturen in 3D“
Erkennung, 3D-Visualisierung, Verfolgung und Analyse von Filamenten. Ein Analysewerkzeug, das vor allem auf neurobiologische Daten ausgerichtet ist,
mit der Möglichkeit, Algorithmen auf verschiedene filamentäre Strukturen anzuwenden.
- Erkennung und Verfolgung filamentärer Strukturen (Dendriten, Zytoskelett, Kanälchen, ...)
- Algorithmen für die automatische Analyse und interaktive 3D-Tracking-Methoden (Wizard
Guided Automatic oder AutoPath- und AutoDepth-Methoden)
- Automatische Erkennung und Bestimmung morphologischer Merkmale von Dendriten
- Erleichterung des Trackings in dichten neuronalen Netzwerken mithilfe des Tools Imaris Torch
- Ermittlung statistischer Daten – Verzweigungslänge, Durchmesser, Fläche, Volumen, Dichte der Dendriten, Topologie der Fasern
usw.
- Direkte Interaktion mit dem gesamten Filament, einzelnen Verzweigungen, Segmenten oder bestimmten Punkten
- Möglichkeit der 3D-Visualisierung der Filamentstruktur und der dendritischen Dornen (z. B. nach Farbe oder Größe differenziert) zusammen mit
anderen, nicht-filamentären Objekten
- Verfolgung und Erkennung von Form- und Positionsänderungen im Zeitverlauf (in Kombination mit Imaris TrackLineage)
- Möglichkeit der manuellen Bearbeitung oder manuellen Endbearbeitung
ImarisVantage
„Entwickelt für die Interpretation wissenschaftlicher Entdeckungen“
Möglichkeit einer anspruchsvollen Darstellung der gewonnenen Daten und Interpretation der Ergebnisse mithilfe interaktiver mehrdimensionaler Diagramme,
die wählbare statistische Daten vergleichen.
- Grafische Darstellung der Daten – 1D/2D/3D/4D (1 Parameter: Side-by-Side-Diagramm, Punktdiagramme für 2
Parameter, Objektgalerie-Ansicht & Streudiagramme, Box- und Whisker-Plots, 5-Zahlen-Zusammenfassung)
- Vergleich von zwei und mehr Datengruppen (Kontroll- und Testgruppen), Vergleich
der Klassen untereinander
- Verwendung der berechneten Parameter zur Bestimmung der Objektabmessungen, Farbcodierung und Skalierung
- Ermittlung der Ergebnisse: Wilcoxon-Test, T-Test, F-Test und Kolmogorov-Smirnov-Test sowie Export dieser Ergebnisse für weitere statistische
Analysen
- Statistische Berechnungen, Erkennung von Trends und Abweichungen
- Erstellung von Diagrammen zu räumlichen Interaktionen von Objekten und zeitlichen Ereignisdiagrammen
ImarisBatch
„Das Tool für die ultimative Produktivitätssteigerung mit Imaris“
Simultane Datenverarbeitung und -analyse („in einem Durchgang“). Zeitersparnis bei der Bildverarbeitung und -analyse durch automatische
Anwendung eines definierten Protokolls auf eine große Gruppe von 2D/3D- und Zeitbildern.
- Reproduktion präziser Analyseverfahren
- Interaktive Erstellung eines universellen Protokolls für die Massenanalyse von „n“ Bildern
- Anwendung des Protokolls auf verschiedene Bilddatensätze gleichzeitig
- Nahtlose Integration in den Arbeitsablauf in Imaris einschließlich Machine-Learning-Klassifizierung
- Einheitliche Bildverarbeitungs-Pipeline
- Möglichkeit zum Vergleich statistischer Daten im Vantage-Modul
ImarisXT
„Erweitert den Horizont und die Analysemöglichkeiten in Imaris“
Benutzerdefinierte Erweiterung der Bildanalysefunktionen mithilfe gängiger Programmiersprachen. ImarisXT ist eine Schnittstelle zur
Anwendungsprogrammierung, die es ermöglicht, eigene Funktionen in Imaris hinzuzufügen und Daten zwischen Imaris und
Matlab/Java/Python auf zwei Arten auszutauschen.
- Anpassung der Analyse in Imaris
- Möglichkeit, eigene Funktionen zu Imaris hinzuzufügen
- Erweiterung der Grundfunktionen von Imaris durch Hinzufügen eines benutzerdefinierten Plugins
- Kompatibilität mit Matlab/Java/Python/ImageJ/FIJI
- Öffentliche Online-Plattform zum Austausch von Benutzererweiterungen – Imaris Open
- Erweiterte Möglichkeiten für eine Vielzahl von Anwendungen, darunter Superauflösung, Zellverfolgung, Filamentverfolgung,
Objekterkennung, GPU-Dekonvolution, Batch-Analysen, Kolokalisierung usw.
- Entwicklung eigener Algorithmen zur Bildverarbeitung und -segmentierung
- Erstellt von Mitgliedern des „ImarisXT Developer Program“
- Über 70 XTenstions zum kostenlosen Download
