Biologische (Labor-)Mikroskope sind in erster Linie für den täglichen Einsatz bei anspruchsvollen Anwendungen in Laboren, Kliniken, Universitäten oder anderen wissenschaftlichen Einrichtungen konzipiert, die eine hohe optische Leistung erfordern. Zur Darstellung von Präparaten nutzen sie Durchlicht; das resultierende Bild ist hell und scharf und zeichnet sich durch eine hochwertige Verarbeitung sowie hervorragende technische Parameter aus. Biologische Mikroskope eignen sich eher für zeitlich nicht allzu aufwendige Analysen und finden vor allem in den Labors verschiedener medizinischer Einrichtungen für klinische Forschung (Biochemie, Zytologie, Hämatologie, Dermatologie usw.) Anwendung.
Dank einer Vielzahl von Zusatzausstattungen lassen sich mit ihnen verschiedene Kontrastverfahren anwenden – Phasenkontrast, Polarisation oder die Hell- und Dunkelfeld-Bildgebung, die bei der Beobachtung transparenter Objekte zum Einsatz kommt, die mit der üblichen Hellfeldmethode nicht sichtbar sind.