Farbstoffe, die bei Bestrahlung mit einem Anregungsstrahl einer bestimmten Wellenlänge die Energie dieser Strahlung absorbieren und praktisch sofort Strahlung mit einer längeren Wellenlänge emittieren (fluoreszieren).
Als Fluorophore dienen meist kleine Moleküle organischer Verbindungen mit einem aromatischen Kern, gegebenenfalls auch ganze Proteine – das bekannteste ist das sogenannte GFP (Green Fluorescent Protein). Das Besondere an GFP ist, dass es nach Bestrahlung mit blauem Licht grün fluoresziert.
Fluorophore finden beispielsweise in der Durchflusszytometrie (Flow-Sortierung) zur schnellen und effizienten Trennung von Zellen und Partikeln bedeutende Anwendung; konkret dient GFP als Reportergen zur Visualisierung der Proteinexpression, zum 3D-Tracking oder zur KolokalisierungverschiedenerProteine.