Software zur 3D-Visualisierung und Analyse umfangreicher Bilddaten

Software zur Bilddatenverarbeitung

Im Oktober 2019 haben wir dazu beigetragen, die Softwareausstattung des Servicelabors für Bildgebungsverfahren am BIOCEV zu erweitern, und zwar durch die Bereitstellung einer Floating-Lizenz für die Software Imaris für die Zellbiologie, die eine umfassende Analyse und 3D/4D-Rekonstruktion von Bilddaten, die überwiegend mit Fluoreszenzmikroskopen gewonnen wurden.

Die Lizenz wird auf einer dedizierten, hochleistungsfähigen Workstation betrieben, deren Parameter die Bearbeitung großer Datensätze (>50 GB) ermöglichen.

Die Imaris-Lizenz für Zellbiologie bietet fortschrittliche Werkzeuge und Funktionen zur Zellsegmentierung, zur Untersuchung intrazellulärer Beziehungen, zur automatisierten Partikelverfolgung, die Erkennung und Erstellung interaktiver Stammbaumdiagramme, in denen die Zellentwicklung von einer einzigen Ausgangszelle bis hin zu den Endstadien der Zellteilung verfolgt werden kann, sowie vieles mehr.

Geräteparameter

Die Vollversion der Imaris-Software für Zellbiologen (Imaris for Cell Biologists) umfasst folgende Module:

• Imaris Core – das Basismodul zum automatischen Einlesen der Systemkonfiguration (Metadaten), mit der die Daten erfasst wurden; es ermöglicht die Bearbeitung großer Datenmengen (bis zu 1 TB), deren 3D-Rekonstruktion und anschließende Darstellung. Dank des Moduls „Imaris Core“ lassen sich mikroskopische Daten in mehr als 35 verschiedenen Formaten konvertieren und verarbeiten – die Konvertierung der meisten Formate in das von Imaris unterstützte Spezialformat (*.ims) wird durch die eigenständige Anwendung „Imaris File Converter“ gewährleistet, die Bestandteil jeder Imaris-Lizenz ist
• Imaris MeasurementPro – Modul zur Messung quantitativer Parameter wie Abstände oder Winkel zwischen segmentierten 3D-Objekten
• Imaris Cell – Modul zur Segmentierung von Zellvolumen, Zellkernen und Vesikeln; eignet sich zur Untersuchung intrazellulärer Beziehungen sowie zur Messung mechanischer und struktureller Zellfunktionen
• Imaris TrackLineage – Modul zur Bewegungsanalyse von Objekten, d. h. zur Verfolgung von Zellen. Dieses Modul ist ein hervorragendes Werkzeug zur Verarbeitung von Zeitrafferaufnahmen, die bei der Live-Cell-Bildgebung aufgenommen wurden
• Imaris Vantage – Modul zur Erstellung von Diagrammen, das eine interaktive Interpretation der Ergebnisse und den Vergleich ausgewählter statistischer Daten ermöglicht
• Imaris Coloc – Modul für die Kolokalisationsanalyse, bei der der Grad der Kolokalisierung mithilfe des Pearson-Korrelationskoeffizienten oder des Manders-Koeffizienten bestimmt wird
• Imaris XT – Modul zur Erweiterung der Bildanalysefunktionen und zur Integration neuer Algorithmen in die Imaris-Software; unterstützte Programmiersprachen: MATLAB, Python und Java