Foto – chemische Veränderung eines Fluorophor-Moleküls, die dessen Fähigkeit zur Fluoreszenz dauerhaft einschränkt. Kovalente Bindungen oder Bindungswechselwirkungen zwischen dem Fluorophor und dem Molekül (Träger) werden durch die Energie der einfallenden Photonen unterbrochen. Dieses Phänomen stellt bei wiederholten Aufnahmen lebender Proben ein Problem dar. Eine Verringerung des Bleachings lässt sich durch den Einsatz hochempfindlicher Kameras (z. B. EM CCD) und niedriger Intensitäten der Anregungsstrahlung. Es gibt verschiedene Methoden, die dieses Phänomen nutzen, um die Bewegung und Diffusion von Molekülen zu untersuchen – FRAP, FLIP.