Stereomikroskop je druh světelného mikroskopu sloužící k pozorování preparátů s různým zvětšením ve 3D rozměru. Oproti klasickému světelnému mikroskopu využívá větší pracovní vzdálenosti, velkou hloubku ostrosti a menší zvětšení. Stereomikroskop, nazývaný též binokulární lupa, je složen ze dvou samostatných mikroskopů – jednoho pro pravé oko, druhého pro levé oko. Pro tento mikroskop jsou charakteristické také dva samostatné světelné paprsky vedoucí do oka pozorovatele, přičemž každé oko vytváří samostatný obraz předmětu. Tyto dva rozdílné obrazy pak mozek vyhodnocuje jako celek ve formě trojrozměrnému obrazu předmětu.
