Imaris

Software Imaris dokáže pracovat s většinou používaných datových formátů.

Příslušenství

Pro analýzu obrazových dat obsahuje Imaris mnoho speciálních modulů, které jsou přizpůsobené konkrétním aplikacím. Všechny dostupné analytické nástroje jsou reprezentovány jednoduchým průvodcem, který obsahuje více kroků pro specifikaci požadovaného úkonu.

Dekonvoluční modul

K dekonvoluci slouží modul ClearView GPU Deconvolution - dekonvoluční algoritmy pro různé mikroskopické metody (spinning disk konfokální mikroskopie, TIRF, widefield fluorescence, brightfield, laserová skenovací konfokální mikroskopie) jsou integrované přímo do softwaru Imaris. Podporovanými GPU režimy zpracování jsou CUDA a OpenCL. Pro spuštění dekonvoluce je vyžadován update ovladačů grafických karet. NVIDIA karty s drivery 411.31 a novější využívají k zpracování CUDA, všechny AMD karty a NVIDIA se staršími drivery využívájí OpenCL. Počítače Mac s operačním systémem MAC OS 10.14 budou používat pouze OpenCL, i přes přítomnost  NVIDIA karty, jelikož pro MAC OS 10.14 dosud neexistuje podporovaný ovladač této grafické karty. Starší pracovní stanice nebo grafické karty nemusí dekonvoluci vůbec podporovat. Místo toho lze využít CPU Deconvolution.

Seznam testovaných GPU a podrobnější informace o doporučených konfigurací pracovních stanic pro práci se softwarem Imaris a spuštění dekonvoluční analýzy naleznete zde.

Následuje kompletní seznam dostupných modulů pro software Imaris:

MeasurementPro 

"Rychle a jednoduše analyzuje extrémně velké a složité mikroskopické snímky"

Nástroj pro základní analýzu obrazu, který je součástí jádra Imaris a doplňuje software o možnost měření geometrie objektů a jejich intenzity.

• Interaktivní a rychlé zobrazování obrovských povrchů a milionů bodových objektů
• Analýza povrchů a bodových objektů v rámci objemných datových sad
• Klasifikace a značení povrchů a bodových objektů s využitím Machine Learning klasifikátoru nebo interaktivních filtrů
• Report a srovnání parametrů na základě detekovaných tříd
• Měření tvarů a intenzity na základě jednotlivých kanálů ve 3D/4D
• Statistické údaje
• Výpočet vzdálenosti a překryvu mezi jednotlivými objekty
• Měření přitažlivosti a repulze detekovaných objektů v porovnání s náhodnou distribucí
• Vytváření a měření 3D objektů na základě 2D kontur

ImarisCell

"Vysvětluje vztahy mezi buňkami"

Komplexní analýza skupin buněk i jednotlivých buněk a jejich komponent na buněčné bázi. Analýza obrazových dat zachycujících buněčné kultury, poskytující statistické výstupy kategorizované podle základů buněčné morfologie.

• Analýza vztahů mezi buňkami a jejich organelami
• Měření mechanických a strukturálních buněčných funkcí (cell-to-cell communication)
• Detekce buněk na základě obarvení cytoplazmatické nebo plazmatické membrány
• Využití intuitivních jednotek na bázi buněčné morfologie (jádra, vezikuly, membrány)
• Detekce a klasifikace několika populací vezikulárních objektů
• Studium chování buněk (ve 2D/3D/4D)
• Intuitivní, strukturovaný, pokročilý průvodce jednotlivými kroky analýzy 

ImarisColoc

"Izoluje, vizualizuje a kvantifikuje kolokalizované oblasti"

Kolokalizační analýza. Základní nástroj pro určení dotykových ploch a míst překrytí signálů z různých barevných kanálů (colocalization).

• Míra kolokalizace
• Výběr různých kolokalizačních metod (včetně automatického režimu založeného na zavedených algoritmech)
• Zisk statistických údajů v reálném čase
• Data po kolokalizaci prezentována jako nový barevný kanál (3D nebo 4D)
• Možnost rozšíření nebo zúžení vypočítané oblasti histogramu
• Provedení kolokalizační analýzy na konkrétních ROIs
• Kolokalizace celé časové řady v méně krocích

ImarisTrackLineage

"Sleduje pohyb objektů a detekuje buněčné dělení"

Analýza pohybu objektů. Mapování buněčné diferenciace. Skvělý nástroj pro 3D a 4D tracking objektů a zpracování časosběrných snímků (time-lapse) zachycujících průběh biologických procesů (live cell imaging) od jedné původní buňky (progenitor cell) až do finálních stádií buněčného dělení.

• Automatické trasování objektů ve 2D, 3D + v čase
• Automatická detekce buněčného dělení
• Výběr z několika specifických trackovacích algoritmů pro různé druhy pohybu
• Rychlé zpracování tisíce objektů v jednom časovém bodě, rychlé zpracování tisíce časových bodů
• Interaktivní vytváření a úprava tracků a sledovaných objektů
• Analýza rychlosti, tvaru, intensity, velikosti a dalších parametrů
• Určení doby buněčného cyklu a generace, vizualizace rodokmenu buněčných populací
• Automatická korekce translačního a rotačního driftu s využitím funkce Reference Frame
• Analýza velmi dlouhých časových experimentů - time lapse

FilamentTracer

"Vizualizuje a analyzuje neurony a jiné filamentární struktury ve 3D"

Detekce, 3D vizualizace, tracking a analýza filament. Analytický nástroj zaměřený především na neurobiologická data, s možností aplikace algoritmů na různé filamentární struktury.

• Detekce a sledování filamentárních struktur (dendrity, cytoskelet, kanalikuly,...)
• Algoritmy pro automatickou analýzu a interaktivní 3D trackovací metody (Wizard Guided Automatic nebo AutoPath a AutoDepth metody)
• Automatická detekce a určení morfologických charakteristik dendritických trnů
• Usnadnění trasování v hustých neuronálních sítích pomocí nástroje Imaris Torch
• Určení statistických údajů - délka větvení, průměr, plocha, objem, hustota dendritických trnů, topologie vlákna aj.
• Přímá interakce s celým filamentem, individuálními větvemi, segmenty nebo konkrétními body
• Možnost 3D vizualizace filamentární struktury a dendritických trnů (rozlišení např. barevně, velikostně) spolu s jinými, nefilamentárními objekty
• Sledování a detekce změn tvaru a polohy v průběhu času (v kombinaci s Imaris TrackLineage)
• Možnost manuálního zpracování či manuální finální úpravy

ImarisVantage

"Vytvořen pro interpretaci vědeckých objevů"

Možnost sofistikované prezentace získaných dat a interpretace výsledků pomocí interaktivních vícerozměrných grafů porovnávajících volitelné statistické údaje.

• Grafické zobrazení dat – 1D/2D/3D/4D (1 parametr: side-by-side plot, bodové diagramy pro 2 parametry, object gallery view & scatterplots, Box a Whisker Plots, 5-Number summary)
• Srovnání dvou a více skupin dat (kontrolní a testovací skupiny), porovnání tříd mezi sebou
• Použití vypočítaných parametrů k určení rozměrů objektů, barevného kódování a škálování
• Zisk výsledků: Wilcoxon, T-test, F-test a Kolmogorov-Smirnov a export těchto výsledků pro další statistické analýzy
• Statistické výpočty, rozpoznání trendů a odchylek
• Tvorba grafů prostorových interakcí objektů a časových diagramů událostí

ImarisBatch

"Nástroj pro ultimátní zvýšení produktivity Imaris"

Simultánní zpracování a analýza dat ("v jedné dávce"). Úspora času při zpracování a analýze obrazu díky automatickému aplikování definovaného protokolu na velkou skupinu 2D/3D + časových snímků.

• Reprodukce přesných analytických postupů
• Interaktivní vytvoření univerzálního protokolu pro hromadnou analýzu "n" snímků
• Aplikace protokolu na různé obrazové datové sady zároveň
• Bezproblémová integrace do pracovního postupu v Imaris včetně Machine Learning klasifikace
• Sjednocený pipeline zpracování obrazu
• Možnost srovnání statistických údajů v modulu Vantage

ImarisXT

"Rozšiřuje obzory a možnosti analýzy v Imaris"

Uživatelské rozšíření možností analýzy obrazu pomocí běžných programovacích jazyků. ImarisXT je rozhraní pro programování aplikací, které umožňuje přidat do Imaris vlastní funkce a vyměňovat data mezi Imaris a Matlab/Java/Pythonem dvěma způsoby.

• Customizace analýzy v Imaris
• Možnost přidání vlastních funkcí do Imaris
• Rozšíření základních funkcí Imaris díky přidání vlastního pluginu uživatele
• Kompatibilita s Matlab/Java/Python/ImageJ/FIJI
• Veřejná internetová platforma pro sdílení uživatelských rozšíření – Imaris Open
• Rozšíření možností pro velké množství aplikací včetně super-rezoluce, trackování buněk, trasování filament, detekce objektů GPU dekonvoluce, batch analýzy, kolokalizace aj.
• Vývoj vlastních algoritmů pro zpracování a segmentaci obrazu
• Vytvořeno členy "ImarisXT Developer Program"
• Zdarma ke stažení více než 70 XTenstions