Imaris

Software Imaris dokáže pracovat s většinou používaných datových formátů.

Imaris formát souboru	*.ims
Kompatibilita (formát souboru)	*.tif, *.tiff, *.xml, *.h5, *.r3d, *.dv, *.ipl, *.kinetic, *.cxd, *.lif, *.stk, *.ics, *.nd2, *.oib, *.vsi, *.zvi, *.czi, a mnoho dalších
Operační systém	MS Windows, MAC OS, MAC OS X

příslušenství

Pro analýzu obrazových dat obsahuje Imaris mnoho speciálních modulů, které jsou přizpůsobené konkrétním aplikacím. Všechny dostupné analytické nástroje jsou reprezentovány jednoduchým průvodcem, který obsahuje více kroků pro specifikaci požadovaného úkonu.

 

Dekonvoluční modul

K dekonvoluci slouží modul ClearView GPU Deconvolution - dekonvoluční algoritmy pro různé mikroskopické metody (spinning disk konfokální mikroskopie, TIRF, widefield fluorescence, brightfield, laserová skenovací konfokální mikroskopie) jsou integrované přímo do softwaru Imaris 9.3.0. Podporovanými GPU režimy zpracování jsou CUDA a OpenCL. Pro spuštění dekonvoluce je vyžadován update ovladačů grafických karet. NVIDIA karty s drivery 411.31 a novější využívají k zpracování CUDA, všechny AMD karty a NVIDIA se staršími drivery využívájí OpenCL. Počítače Mac s operačním systémem MAC OS 10.14 budou používat pouze OpenCL, i přes přítomnost  NVIDIA karty, jelikož pro MAC OS 10.14 dosud neexistuje podporovaný ovladač této grafické karty. Starší pracovní stanice nebo grafické karty nemusí dekonvoluci vůbec podporovat. Místo toho lze využít CPU Deconvolution.

Seznam testovaných GPU a podrobnější informace o doporučených konfigurací pracovních stanic pro práci se softwarem Imaris a spuštění dekonvoluční analýzy naleznete zde.

 

Následuje kompletní seznam dostupných modulů pro software Imaris:

MeasurementPro

Kvantitativní analýza obrazu. Nástroj pro základní analýzu obrazu, který je součástí jádra softwaru Imaris.

• Statistické údaje
• Měření tvarů a intenzity ve 3D/4D
• Interaktivní uspořádání a klasifikace
• Analýza povrchů a bodových objektů v rámci objemných datových sad
  
• Interaktivní a rychlé zobrazení obrovských povrchů a milionů bodových objektů
  

ImarisCell

Komplexní analýza buněk. Analýza obrazových dat zachycujících buněčné kultury, poskytující statistické výstupy kategorizované podle základů buněčné morfologie.

• Vztahy mezi buňkami a jejich organelami
• Měření mechanických a strukturálních buněčných funkcí
• Intuitivní jednotky na bázi buněčné morfologie (jádra, vezikuly, membrány)

ImarisColoc

Kolokalizační analýza. Základní nástroj pro určení dotykových ploch a míst překrytí signálů z různých barevných kanálů (colocalization)

• Míra kolokalizace
• Výběr různých kolokalizačních metod
• Analýza ve 3D/4D

ImarisTrack

Analýza pohybu objektů. Skvělý nástroj pro zpracování časosběrných snímků (time-lapse) zachycujících průběh biologických procesů (live cell imaging).

• Trasování objektů 2D/3D/4D (3D tracking)
• Specifické algoritmy pro různé druhy pohybu
• Analýza rychlosti, tvaru, intensity, velikosti a dalších parametrů
• Trasování tisíce objektů za určitou dobu
  
• Analýza velmi dlouhých časových experimentů - time lapse  

ImarisLineage

Mapování buněčné diferenciace. Tvorba interaktivních schémat rodových linií, ve kterých lze pozorovat buněčný vývoj (live cell imaging) od jedné původní buňky (progenitor cell) až do finálních stádií buněčného dělení.

• Automatická detekce buněčného dělení
• Stopování buněčných linií
• Obsahuje ImarisTrack

FilamentTracer

3D vizualizace a analýza filament. Analytický nástroj zaměřený především na neurobiologická data, s možností aplikace algoritmů na různé filamentární struktury.

• Detekce a sledování filamentárních struktur (dendrity, cytoskelet, kanalikuly,...)
• Algoritmy pro automatickou analýzu
• Možnost manuálního zpracování či manuální finální úpravy

ImarisVantage

Interaktivní interpretace výsledků. Možnost sofistikované prezentace získaných dat v podobě interaktivních grafů porovnávajících volitelné statistické údaje.

• Grafické zobrazení dat – 1D/2D/3D/4D
• Srovnání dvou a více skupin dat
• Statistické výpočty, rozpoznání trendů a odchylek

ImarisBatch

Simultánní zpracování dat. Úspora času při analýze obrazu za použití definovaného protokolu.

• Vytvoření univerzálního protokolu pro hromadnou analýzu
• Aplikace protokolu na různé obrazové datové sady zároveň
• Možnost srovnání statistických údajů v modulu Vantage

ImarisXT

Uživatelské rozšíření možností analýzy obrazu v softwaru Imaris pomocí běžných programovacích jazyků.

• Kompatibilita s Matlab/Java/Python/ImageJ/FIJI
• Veřejná internetová platforma pro sdílení uživatelských rozšíření – Imaris Open