
Imaris
VÝROBCE: |
![]() |
BITPLANE | KATEGORIE: |
Imaris umožňuje provádět komplexní analýzu a 3D vizualizaci Pojmem 3D vizualizace (3D visualisation) je myšleno zobrazování dvourozměrných objemných dat (>50GB) získaných mikroskopickými metodami (především fluorescenční mikroskopií) ve všech třech rozměrech (x, y, z) pomocí vhodného analytického softwaru.
zobrazit ve slovníku obrazových dat získaných převážně z fluorescenčních mikroskopů. Tento software umožňuje také vkládání a kombinace dvou a více datových sad, což je velmi výhodné pro kombinaci fluorescenční a elektronové mikroskopie. Imaris obsahuje nástroje např. pro tvoření snímků (snapshot), kolokalizaci (colocalization), trasování ( 3D Tracking 3D Tracking, neboli trasování (částic, objektů, aj.), je proces, který spojuje objekty v po sobě jdoucích časových bodech a integruje je do jednoho objektu pohybujícího se prostorem a časem. 3D tracking, jakožto jedna z funkcí analytického softwaru Imaris (konkrétně modulu ImarisTrack), je špičkovým vědeckým řešením pro studium vysoce dynamických procesů, které jsou součástí intracelulárního a extracelulárního chodu v buňkách a buněčných organelách.
zobrazit ve slovníku ) a mnoho dalších. Optimální využití výkonnosti pracovní stanice, práce s paralelizací výpočtů na grafické kartě a formát *.ims usnadňují manipulaci s velkými datovými sadami (až 1TB), jak při 3D vizualizaci, tak při analýze. Nově je k dispozici verze IMARIS 9.7, která nabízí několik novinek pro pohodlnější manipulaci s tímto analytickým softwarem a hladší pracovní postup při vizualizaci mikroskopických dat. Nové nástroje ve verzi Imaris 9.7 umožňují hlubší vhled na dynamiku a strukturu analyzovaných objektů, možnost rychlého měření vzdálenosti buněk od dané tkáně a určení jejich distribuce, rozšířené možnosti timelapse analýzy a měření dynamiky procesů v detekovaných objektech (změny buněčné motility a morfologie, exprese proteinu atd.),
Klíčové vlastnosti
- Uživatelsky přívětivé rozhraní a intuitivní analýza
- Moduly přizpůsobené konkrétním aplikacím
- Rychlé zobrazování povrchu/objemu (3D vizualizace)
- Manipulace s datovými sadami o velikosti Terabajtů
- Kompatibilní s Matlab, Python, ImageJ/FIJI
- Online podpora, tutoriály a webináře, návody na konkrétní aplikace
Imaris umožňuje organizaci dat ve strukturované databázi (Arena) s jedinečnou funkcí modulu "Batch" – aplikace konkrétního analytického protokolu na různé skupiny dat zároveň. Samozřejmostí je rychlé zobrazování dat ve 2D/3D/4D o velikosti stovek GB (3D vizualizace – Surpass). Získané statistické údaje lze mezi sebou porovnávat, jejich rozdíly vynést do grafů a současně testovat konkrétní hypotézy (Vantage).
Máte zájem o Imaris
Potřebujete radu?
Parametry
Software Imaris dokáže pracovat s většinou používaných datových formátů.
Imaris formát souboru | *.ims |
Kompatibilita (formát souboru) | *.tif, *.tiff, *.xml, *.h5, *.r3d, *.dv, *.ipl, *.kinetic, *.cxd, *.lif, *.stk, *.ics, *.nd2, *.oib, *.vsi, *.zvi, *.czi, a mnoho dalších |
Operační systém | MS Windows, MAC OS, MAC OS X |
příslušenství
Pro analýzu obrazových dat obsahuje Imaris mnoho speciálních modulů, které jsou přizpůsobené konkrétním aplikacím. Všechny dostupné analytické nástroje jsou reprezentovány jednoduchým průvodcem, který obsahuje více kroků pro specifikaci požadovaného úkonu.
Dekonvoluční modul
K dekonvoluci slouží modul ClearView GPU Deconvolution - dekonvoluční algoritmy pro různé mikroskopické metody (spinning disk konfokální mikroskopie, TIRF, widefield fluorescence, brightfield, laserová skenovací konfokální mikroskopie) jsou integrované přímo do softwaru Imaris. Podporovanými GPU režimy zpracování jsou CUDA a OpenCL. Pro spuštění dekonvoluce je vyžadován update ovladačů grafických karet. NVIDIA karty s drivery 411.31 a novější využívají k zpracování CUDA, všechny AMD karty a NVIDIA se staršími drivery využívájí OpenCL. Počítače Mac s operačním systémem MAC OS 10.14 budou používat pouze OpenCL, i přes přítomnost NVIDIA karty, jelikož pro MAC OS 10.14 dosud neexistuje podporovaný ovladač této grafické karty. Starší pracovní stanice nebo grafické karty nemusí dekonvoluci vůbec podporovat. Místo toho lze využít CPU Deconvolution.
Seznam testovaných GPU a podrobnější informace o doporučených konfigurací pracovních stanic pro práci se softwarem Imaris a spuštění dekonvoluční analýzy naleznete zde.
Následuje kompletní seznam dostupných modulů pro software Imaris:
MeasurementPro
Kvantitativní analýza obrazu. Nástroj pro základní analýzu obrazu, který je součástí jádra softwaru Imaris.
- Statistické údaje
- Měření tvarů a intenzity ve 3D/4D
- Interaktivní uspořádání a klasifikace
- Analýza povrchů a bodových objektů v rámci objemných datových sad
- Interaktivní a rychlé zobrazení obrovských povrchů a milionů bodových objektů
ImarisCell
Komplexní analýza buněk. Analýza obrazových dat zachycujících buněčné kultury, poskytující statistické výstupy kategorizované podle základů buněčné morfologie.
- Vztahy mezi buňkami a jejich organelami
- Měření mechanických a strukturálních buněčných funkcí
- Intuitivní jednotky na bázi buněčné morfologie (jádra, vezikuly, membrány)
ImarisColoc
Kolokalizační analýza. Základní nástroj pro určení dotykových ploch a míst překrytí signálů z různých barevných kanálů (colocalization)
- Míra kolokalizace
- Výběr různých kolokalizačních metod
- Analýza ve 3D/4D
ImarisTrack
Analýza pohybu objektů. Skvělý nástroj pro zpracování časosběrných snímků (time-lapse) zachycujících průběh biologických procesů (live cell imaging).
- Trasování objektů 2D/3D/4D (3D tracking)
- Specifické algoritmy pro různé druhy pohybu
- Analýza rychlosti, tvaru, intensity, velikosti a dalších parametrů
- Trasování tisíce objektů za určitou dobu
- Analýza velmi dlouhých časových experimentů - time lapse
ImarisLineage
Mapování buněčné diferenciace. Tvorba interaktivních schémat rodových linií, ve kterých lze pozorovat buněčný vývoj (live cell imaging) od jedné původní buňky (progenitor cell) až do finálních stádií buněčného dělení.
- Automatická detekce buněčného dělení
- Stopování buněčných linií
- Obsahuje ImarisTrack
FilamentTracer
3D vizualizace a analýza filament. Analytický nástroj zaměřený především na neurobiologická data, s možností aplikace algoritmů na různé filamentární struktury.
- Detekce a sledování filamentárních struktur (dendrity, cytoskelet, kanalikuly,...)
- Algoritmy pro automatickou analýzu
- Možnost manuálního zpracování či manuální finální úpravy
ImarisVantage
Interaktivní interpretace výsledků. Možnost sofistikované prezentace získaných dat v podobě interaktivních grafů porovnávajících volitelné statistické údaje.
- Grafické zobrazení dat – 1D/2D/3D/4D
- Srovnání dvou a více skupin dat
- Statistické výpočty, rozpoznání trendů a odchylek
ImarisBatch
Simultánní zpracování dat. Úspora času při analýze obrazu za použití definovaného protokolu.
- Vytvoření univerzálního protokolu pro hromadnou analýzu
- Aplikace protokolu na různé obrazové datové sady zároveň
- Možnost srovnání statistických údajů v modulu Vantage
ImarisXT
Uživatelské rozšíření možností analýzy obrazu v softwaru Imaris pomocí běžných programovacích jazyků.
- Kompatibilita s Matlab/Java/Python/ImageJ/FIJI
- Veřejná internetová platforma pro sdílení uživatelských rozšíření – Imaris Open
Doporučená konfigurace pracovní stanice pro Imaris
Operační systém | Windows OS 64 bit (10) | MAC OS X (10.9 – 10.13) |
Operační paměť | 8 – 256 GB RAM * | 8 – 256 GB RAM * |
Procesor | 3 GHz – 3,7 GHz 2/4/8 Core CPU (Intel) | 2,2 – 3,2 GHz 6/10 Core CPU (Intel) |
Grafická karta | GPU 2 – 8 GB (AMD/NVIDIA Quadro) ** | GPU 2 – 16 GB (AMD/NVIDIA) ** |
OS Windows 7 a 8 nejsou u nové verze Imaris doporučovány z důvodu problémů s drivery grafických karet. V případě starších verzí OS se doporučuje využívat pouze grafické karty a drivery od roku 2015 a výše.
MAC OS neobsahuje ovladače OpenGL 4.0+, z toho důvodu nemusí být některé režimy vykreslování v Imarisu povoleny.
* Minimální RAM 8 GB slouží pouze pro jednoduché vyhodnocení malých souborů, doporučená velikost RAM je 16 – 32 GB a pro plynulou práci s objemnými datovými sadami je vhodné vybavit pracovní stanici např. 64 – 256 GB RAM.
** Seznam testovaných GPU a podrobnější informace o doporučených konfigurací pracovních stanic pro práci se softwarem Imaris naleznete zde.
aplikace spojené s produktem
- Analýza zobrazování živých buněk (live cell imaging)
- Kolokalizace (Colocalization)
- Trasování (3D tracking)
- Vizualizace (3D vizualization)
- Fluorescenční mikroskopie (wide-field)
- Konfokální mikroskopie
- Super-rozlišovací mikroskopie (super-resolution)
Související články
-
Konfokální mikroskopie SDCM ve srovnání s alternativami
-
Nová verze software Imaris 8.4
-
Imaris workshop, ÚMG Praha
-
SDCM – Mikroskopie organoidů
-
SDCM – Lokalizace RNA metodou FISH
-
Kurz Imaris, ÚMG AVČR Praha
-
Bitplane IMARIS 9
-
SPIM – Mikroskop pro kutily
-
DSD2 Workshop, ÚEB Olomouc
-
Andor Academy, SAV Bratislava
-
Kolokalizační studie – virové receptory
-
Nový kompaktní konfokální mikroskop Dragonfly 200
-
Imaris nyní k pronájmu na rok 2018
-
Realizace Imaris Single Full, CELLIM, Brno
-
Nová verze softwaru pro analýzu obrazových dat - Imaris 9.3
-
Mikroskopie živých buněk – předpoklady
-
Konfokální mikroskopie rostlinných vzorků
-
Aplikace: Konfokální mikroskopie rostlinných vzorků
-
Analýza filament - 3D morfologie neuronů
-
Kvantitativní 3D prostorová analýza tkání kostní dřeně
-
Webinář: Imaris 9.3
-
Nová verze softwaru pro analýzu obrazových dat - Imaris 9.3.0
-
Webinář: Imaris 9.5
-
Kompletní kurz mikroskopie
-
Nová verze analytického softwaru IMARIS 9.6.0
-
Online kurz: Zpracování a analýza obrazových dat
-
Pozvánka na webinář - nová verze software IMARIS!
Máte zájem o Imaris? Potřebujete radu?
Pomůže Vám specialita sekce Blanka Forejtová , případně využijte naše další kontakty.