Imaris Stitcher
| VÝROBCE: |
|
BITPLANE | KATEGORIE: |
Imaris Stitcher je software umožňující spojení obrazových dat (StitchingJedná se o skládání nasnímaných obrazových dat do jednoho výsledného obrázku s vysokým rozlišením, který pokrývá mnohem větší plochu, než je jedno zorné pole kamery.
zobrazit ve slovníku) nasnímaných na mikroskopu posunutím zorného pole - tím lze získat výsledná data pokrývající mnohem větší plochu než jedno zorné pole kamery. Lze spojovat 2D (x,y), 3D(x,y,z) nebo 4D(x,y,z,t) data o velikosti až 1Tb. Spojování probíha plynule a velmi přesně podle informací o poloze stolku mikroskopu, které jsou zapsané v metadatech. Pokud tato informace chybí, je nutné seřadit jednotlivé snímky manuálně. Spojovací algoritmy posléze provedou přesné srovnání překrývajících se regionů.
Klíčové vlastnosti:
- Zarovnání a spojení 2D, 3D a 4D obrazových bloků
- Velikost zpracovaných dat může dosahovat až 1 Tb
- Korekce špatné orientace kamery vůči stolku mikroskopu
- Kompatibilní s většinou datových formatů skrze software ImarisConverter
- Ukládání do *.ims pro bezprostřední analýzu v softwaru Imaris
Máte zájem o Imaris Stitcher
Potřebujete radu?
Doporučená konfigurace pracovní stanice pro Imaris Stitcher
Visualizace spotřebuje minimálně 1MB VRAM na zobrazená data z jednoho zorného pole s jedním barevným kanálem.
Minimální RAM je 10x větší než velikost překryvu.
| Operační systém | Windows OS 64 bit (10) | MAC OS X (10.9 – 10.11) |
| Operační paměť | 8 – 256 GB RAM * | 8 – 256 GB RAM * |
| Procesor | 3 GHz – 3,7 GHz 2/4/8 Core CPU (Intel) | 2,2 – 3,2 GHz 6/10 Core CPU (Intel) |
| Grafická karta | GPU 2 – 8 GB (AMD/NVIDIA Quadro) ** | GPU 2 – 16 GB (AMD/NVIDIA) ** |
OS Windows 7 a 8 nejsou u nové verze Imaris Stitcher doporučovány z důvodu problémů s drivery grafických karet. V případě starších verzí OS se doporučuje využívat pouze grafické karty a drivery od roku 2015 a výše.
MAC OS neobsahuje ovladače OpenGL 4.0+, z toho důvodu nemusí být některé režimy vykreslování v Imarisu povoleny.
* Minimální RAM 8 GB slouží pouze pro jednoduché zpracování malých souborů, doporučená velikost RAM je 16 – 32 GB a pro plynulou práci s objemnými datovými sadami je vhodné vybavit pracovní stanici např. 64 – 256 GB RAM.
** Seznam testovaných GPU a podrobnější informace o doporučených konfigurací pracovních stanic pro práci se softwarem Imaris naleznete zde.
Aplikace spojené s produktem
- Analýza zobrazování živých buněk (live cell imaging)
- Kolokalizace (Colocalization)
- Trasování (3D tracking)
- Vizualizace (3D vizualization)
- Fluorescenční mikroskopie (wide-field)
- Konfokální mikroskopie
- Super-rozlišovací mikroskopie (super-resolution)
Související články
-
Imaris Stitcher - nový software pro stitching
-
Konfokální mikroskopie rostlinných vzorků
-
Nová verze analytického softwaru IMARIS 9.6.0
-
Online kurz: Zpracování a analýza obrazových dat
-
Pozvánka na webinář - nová verze software IMARIS!
-
Imaris 9.9 - Segmentujte obraz pomocí strojového učení!
-
Imaris 10.0 - Trasování filamentárních struktur poháněné umělou inteligencí!
Máte zájem o Imaris Stitcher? Potřebujete radu?
Pomůže Vám specialista sekce Blanka Schusterová, případně využijte naše další kontakty.